根據全區鄉鎮區劃調整后的情況，綜合考慮轄區治安復雜程度及社會管理難度，區公安局的派出機構在原設置9個分局和28個派出所的基礎上，合并設置為 28 個派出所。
28 個派出所名稱統一為：南通市通州區公安局××派出所。其主要職責是：對轄區內公共復雜場所、重點地區和企事業單位進行治安秩序管理，對特種行業、民用危險物品和違禁品的管理，對違反治安管理行為和治安案件、群眾性治安事件的查處，對戶口、居民身份證、流動人口、私房出租管理，對轄區群眾進行法制宣傳，組織公安基礎工作、科技信息化建設和群防群治，做好違法犯罪的預防工作，協助偵破轄區內發生的刑事案件，偵破應由派出所受理的一般刑事案件，接受“110”指令和群眾舉報的處警工作。
派出所
城中中心所: 86512061
所 長：鄧星林 教導員：倪飛
城東所: 82518007
所 長：王 俊
指導員：盧鋒
城西所: 86532005
所 長：季 華
指導員：李國
城北所: 86021140
所 長：朱俊
指導員：王 鵬
開發區中心所: 86021179
所 長：徐志棟
教導員：施建林
城南所: 82519110
所 長：周亦張
指導員：張 建
西亭所: 86534041
所 長：張勇
教導員：張建華
二甲中心所: 82541553
所 長：葛云飛
指導員：任國清
東社所: 82547041
所 長：魏曉雷
教導員（副）：沈 捷
十總中心所: 82566133
所 長：邵建軍
教導員：王仲達
騎岸所: 86273110
所 長： 解林見
教導員：黃紅武
五甲所: 82563303
所 長： 王剛
教導員：陳松林
石港中心所: 82591030
所 長：陳正新
教導員：凌健
四安所: 86569031
所 長：曹茂龍
指導員：丁善榮
劉橋所: 86581012
所 長：施峻
教導員：杜建平
平潮中心所: 86571281
所 長：成鶴銀
指導員：陳正新
五接所: 86574501
所 長：毛建軍
指導員：陳 發
平東所: 86579110
教導員（主持日常工作）：費建華
新聯所: 86584312
所 長： 朱海明
指導員：徐國林
興仁中心所: 86561709
所 長：王述新
指導員：曹正南
興東所: 86563423
所 長：黃敏捷
教導員：張蘇
先鋒所: 86567110
所 長：陸劍鋒
教導員：馬榮震
張芝山中心所: 82521206
所 長：葛亞峰
教導員：施建斌
川港所: 82534410
所 長：李祥
教導員（副）：卑春峰
姜灶所: 82533145
教導員（主持日常工作）：曹和周
刑警中隊
城區刑警中隊:(六中隊)86101911
三余刑警中隊:（七中隊）86962803
十總刑警中隊:（八中隊）86241110
平潮刑警中隊:（九中隊）86752110
興仁刑警中隊:（十中隊）86648500
交巡警中隊
城區交巡警中隊: 86517529
開發區交警中隊：86020621
二甲交巡警中隊: 82518089
三余交巡警中隊: 82501236
十總交巡警中隊: 82566329
石港交巡警中隊: 82592122
劉橋交巡警中隊: 86581119
平潮交巡警中隊: 86571508
先鋒交巡警中隊:86673550
興仁交巡警中隊: 86561381
川姜交巡警中隊:86802160
通海交巡警中隊: 82521574
橫港交巡警中隊:86685199