根據職責，區交通運輸局內設職能科室如下：
一、辦公室
負責機關日常運轉，承擔信息、保密、信訪、檔案、資產管理、政務公開等工作；承擔重要文件、綜合性文稿、重要會議文稿的起草工作；組織擬訂交通運輸政策和規范性文件；牽頭組織人大代表建議、政協委員提案辦理工作。指導交通運輸行業體制改革和隊伍建設；負責機關及所屬事業單位的機構編制、干部人事、勞動工資、考核獎懲、人才、職稱等工作。負責機關和指導所屬單位政治思想、新聞宣傳、教育培訓、精神文明建設等工作。負責機關離退休干部管理工作；協調處理交通企業改革發展中重大問題。
負責人：曹 曜
聯系電話：0513-86117679
二、政策法規科（行政服務科）
組織開展交通運輸行業有關政策研究；承擔規范性文件的合法性審查，承擔行政執法監督、行政復議、行政應訴等工作；指導交通執法隊伍建設，組織開展法制宣傳教育；承擔全區交通運輸綜合行政執法的協調管理工作；負責機關并指導所屬單位社會治安綜合治理工作；負責境內鐵路護路聯防和平安鐵路創建的相關工作。
承擔公路、航道、港口、海事、運輸管理、建設管理、質量監督等交通運輸行政許可工作，并限時辦結；組織實施區級交通運輸行政許可統一受理、統一審批、統一送達工作；負責指導推進全區交通運輸“放管服”改革工作。
負責人：蔡 剛
聯系電話：0513-86028531
三、財務審計科
指導交通運輸行業財務、會計和審計工作；參與擬訂交通運輸發展的資金籌集政策；提出有關財政、價格等政策建議；負責組織編報部門預決算；承擔交通運輸資金的申請、撥付、監管及會計核算工作；組織機關及所屬單位開展內部審計并完善內部控制機制；指導交通運輸行業規費征管工作；負責機關財務會計日常工作。
負責人：曹 艷
聯系電話：0513-86118159
四、安全生產監督科（應急辦公室）
組織擬訂并監督實施公路、水路和港口安全生產政策和應急預案；負責公路、水路和港口安全生產綜合監督；負責有關安全生產和應急處置體系建設，監督所屬單位安全生產監管工作；依法組織或參與有關事故調查處理工作，監督事故查處的落實情況；承擔公路、水路和港口突發公共事件應急管理工作；組織交通運輸行業防汛抗旱工作。
負責人：黃劉兵
聯系電話：0513-86515701
五、綜合計劃科
組織擬訂全區綜合交通運輸體系規劃和公路、航道、港口等發展規劃；參與擬訂鐵路規劃、民用航空和航空產業規劃；組織擬訂全區交通運輸基礎設施建設投資計劃和年度計劃；組織擬訂城鄉客運發展規劃，組織或參與城鄉客運有關設施的規劃；組織擬訂交通運輸樞紐規劃；指導相關專項規劃編制；擬訂交通運輸行業發展戰略、投資政策，參與擬訂交通運輸行業籌融資政策；統籌交通項目區域協調工作；負責交通運輸行業綜合統計分析和信息發布工作；承擔交通運輸利用外資、招商引資和對外交流合作工作。
負責人：楊建明
聯系電話：0513-86101938
六、建設管理科（區國防動員委員會交通戰備辦公室）
承擔交通工程建設項目前期管理工作；組織編制有關交通工程建設項目的項目建議書、可行性研究報告，負責組織初步設計、項目概算文件的編制和報批等前期工作；組織做好專項評估工作；統籌推進區級交通重大項目，負責建設項目實施過程的組織、協調，配合做好鐵路建設工作；組織有關交通工程建設項目交工驗收，參與竣工驗收；組織指導交通建設工程資料檔案的收集、歸檔和移交。擬訂交通工程建設質量發展目標和政策并組織實施；承擔并指導交通工程建設市場監管工作；承擔公路、水路建設和維護的行業管理工作，負責交通建設工程實施階段程序管理；組織和指導交通建設工程設計、施工、監理、定額造價、試驗檢測的監督管理；負責交通工程建設市場主體的資質資格管理和信用管理；牽頭組織指導交通運輸行業信用管理；組織對優質工程進行質量審查；依法處理交通工程建設過程中利益關系人的投訴。指導協調交通運輸行業科技創新、知識產權、標準計量、質量、技術工作和信息化建設。負責全區國防交通戰備動員工作。
負責人：張王鋆
聯系電話：0513-86101938
七、公路管養科
負責縣道、區管鄉道的養護管理；負責組織實施區管縣鄉公路的大中修和危橋改造；負責組織縣道、區管鄉道和鎮村公路養護質量的考核；協調管養單位與沿線鄉鎮有關工作；負責對鎮村道路橋涵建設工程和養護管理的業務指導；組織協調交通干線沿線環境綜合整治工作。負責公路綠化建設、管理和養護。
負責人：余加兵
聯系電話：0513-86101589
八、運輸管理科
負責擬訂全區道路、水路客貨運及其運輸相關業務發展規劃并組織實施；承擔道路、水路客貨運、城市公共交通、機動車維修、機動車駕駛員培訓、營運車輛綜合性能檢測、客貨運站場、汽車租賃、運輸服務業等行業管理工作；負責交通物流市場管理工作；負責道路運輸車輛技術管理工作；負責交通運輸從業人員資格管理工作；負責道路、水路客貨運、城市公共交通、機動車維修、機動車駕駛員培訓、營運車輛綜合性能檢測等行業信用管理工作；負責機動車維修質量糾紛調解工作；負責組織協調重大節日、重點物資、搶險救災、重大活動的運輸工作；指導并監督交通運輸行業節能減排、新能源或清潔能源推廣使用工作；做好客貨運行業統計工作；配合做好鐵路運輸、民用航空等工作。
負責人：薛 強
聯系電話：0513-86100856
九、港航管理科
負責全區沿江及內河港口發展、改革、管理工作；擬訂全區港口發展政策和管理制度，統籌推進現代化港口體系建設和港口資源利用研究；負責全區港口岸線、陸域、水域管理和港口建設、經營市場秩序監管；負責港口設施保安履約管理工作；負責全區港口公用基礎設施建設和維護的行業管理工作；指導航道、錨地等公用基礎設施建設和維護的行業管理工作；負責港口對外合作及港際交流。負責全區內河通航水域的水上安全監管、內河救助打撈工作；承擔全區內河通航水域船舶污染防治和船舶、船員的監督管理工作。負責交通運輸行業生態環保工作的政策制定、統籌協調和督促檢查；指導和推進交通運輸行業污染防治工作；依法組織或參與環境污染事件調查處理工作。
負責人：張志宏
聯系電話：0513-86102696