區科技局設下列內容機構：
辦公室（區國防動員委員會科技動員辦公室）
負責機關日常運轉工作，承擔局機關政務工作的綜合協調；負責政務公開、文書檔案、信息化建設、后勤管理、應急管理；擬訂機關內部規章制度并組織實施；負責機關及所屬單位黨建工作、組織人事、機構編制、財務資產以及普法教育、社會綜合治理、文明單位創建、老干部等工作；負責做好黨風廉政建設等相關工作；承擔區國防動員委員會科技動員辦公室的日常工作和科技擁軍工作。
科室負責人：張新建 辦公電話：86512516 辦公地址：區行政中心1號樓12層1213室 辦公時間：上午9：00-12：00 下午 13:30—17:30
高新技術科（行政服務科）
擬訂全區科技發展中長期規劃和年度工作計劃；編制專項科技規劃和工作計劃；負責編制全區科技專項經費使用計劃，會同財政等有關部門籌措科技經費；負責國家、省、市有關科技計劃（包括工業科技支撐、基礎研究、軟科學研究、重要技術標準、中小企業發展專項資金等）和區級科技計劃的組織實施。貫徹落實國家、省、市鼓勵和推動高新技術產業發展的政策措施，擬訂全區高新技術產業發展的政策意見；負責高新技術項目的開發、引進和組織實施；負責工業領域科技創新計劃、火炬計劃的組織實施；負責高新技術企業、高新技術產品、重點新產品申報認定的組織實施；負責特色產業基地、創新型園區、科技企業孵化器、眾創空間、加速器等科技創新載體建設的管理指導；組織企業制造業信息化示范工作；負責民營科技企業的政策指導、統計調查；負責科技統計年報及科技統計分析評價；參與全區科技金融工作；牽頭做好科技創新工作綜合考核，負責全區科技進步考核工作；負責局行政權力事項的組織、協調、跟蹤、督促。負責外國人來我區工作許可證的辦理。聯系產業安全生產工作。
科室負責人：曹建忠 辦公電話：86514148 辦公地址：區行政中心1號樓12層1229室 辦公時間：上午9：00-12：00 下午 13:30—17:30
科技成果科（引進國外智力科）
擬訂全區科技成果轉化和管理的政策意見，負責科技成果轉化的組織管理工作，負責全區科技成果鑒定和科技保密工作，負責科技成果的登記、劃密、推廣及評審工作；負責推進區域創新和創新型城市建設工作，負責創新型鄉鎮建設的指導等管理工作；負責擬訂產學研協同創新計劃和政策，組織全區性產學研對接活動；牽頭科技國際合作工作，擬訂區國際科技合作、科技交流及創新能力開放合作的規劃、政策和措施并推動落實；組織實施國家、省、市級國際科技合作計劃項目；擬訂科技服務業發展規劃和政策，承擔全區技術轉移體系工作，推進科技資源開放共享，推動科技服務業、技術市場和科技中介組織發展，負責管理技術合同認定登記有關工作；負責高層次科研院所引進工作，負責研發型企業管理工作，指導推進新型研發機構建設，推動企業科技創新能力建設；負責國家、省、市及區級科技成果轉化資金計劃、產學研合作計劃、科技基礎設施建設計劃、院士工作站等計劃的組織實施；負責綜合管理全區引進國外智力和外國專家工作，負責全區引進國外技術、管理人才項目的申報、參評、實施和資助工作，建立引進國外智力服務體系；負責擬訂科技人才隊伍建設的政策措施，組織實施創新創業人才計劃，參與科技人才引進和培養相關工作，承辦區委人才工作領導小組交辦的其他工作；牽頭組織全區科技體制改革工作，擬訂全區科技創新發展政策和措施，組織科技政策的培訓、落實和宣傳工作。負責全區科技合作工作，推動長三角區域科技合作，牽頭對接上?？萍紕撔鹿ぷ鳎回撠焻^生產力促進中心的日常管理工作。
科室負責人：沈恒飛 辦公電話：86512127 辦公地址：區行政中心1號樓12層1231室 辦公時間：上午9：00-12：00 下午 13:30—17:30
創新發展科（引進國外智力科）
承擔區科創委辦公室統籌協調、日常運轉工作；承擔科創委重大會議、重要活動的方案制定和協調實施工作；聯系協調區級機關部門推進區委區政府和科創委有關科技創新的決定事項、工作部署；負責全區科技創新工作的體制機制研究、政策制定統籌落實宣傳、產業創新改革等；統籌推進沿江科創帶、沿江景觀帶建設等工作；圍繞統籌全區科技創新工作，組織調研，收集信息，反映動態；負責督促推進南通高新區、各鎮（街道）科技創新重點工作任務與政策的落實；承擔區委區政府和科創委領導指示、批示的督辦落實；參與起草科創委辦公室重要文稿；負責市沿江科創帶領導小組辦公室、市科創委交辦的其他事項和區科創委交辦的具體工作。負責綜合管理全區引進國外智力和外國專家工作，負責全區引進國外技術、管理人才項目的申報、參評、實施和資助工作，建立引進國外智力服務體系。
科室負責人：徐智 辦公電話：86028663 辦公地址：區行政中心1號樓12層1218室 辦公時間：上午9：00-12：00 下午 13:30—17:30
農村科技與社會發展科
擬訂和組織實施科技促進農業農村、社會發展的規劃和政策，管理農業科技計劃項目，組織實施農業科技創新計劃、科技成果推廣計劃，會同有關部門組織科技興農工作；負責全區農業科技示范園區建設工作；指導全區科學普及工作，組織送科技下鄉活動；組織實施現代農業科技創新工作，指導農業科技載體以及農業科技示范推廣基地的建設，指導農業科技特色產業培育，負責科技特派員、科技扶貧、科技對口支援工作；推動農業、農村科技進步和農村科技社會化服務體系建設，協助管理農業重點實驗室和工程技術中心建設，負責全區民生科技工程科技發展計劃組織實施；組織實施涉及資源環境、人口健康、公共安全等其他社會事業領域的科技工作。
科室負責人：顧大煒 辦公電話：86106597 辦公地址：區行政中心1號樓12層1227室 辦公時間：上午9：00-12：00 下午 13:30—17:30