南通市通州區人民政府辦公室設下列內設機構：區政府督查室、綜合一科、綜合二科、綜合三科、調研科、文電科、政策法規科、政務信息科、政務公開科（電子政務科）、外事科、公共機構節能管理科、人事科、行政科、機關黨總支。