南通市通州藥品監督管理局于2001年10月19日正式掛牌成立，履行對全市藥品、醫療器械生產、研究、經營、使用全過程的行政監督和技術監督職能。2005年6月26日，在原南通市通州藥品監督管理局的基礎上，組建南通市通州食品藥品監督管理局，增加了對食品安全的綜合監督、組織協調和依法組織開展對重大事故查處的職能。
2010年3月18日，根據《中共南通市通州區委、南通市通州區人民政府關于區政府機構改革的實施意見》（通發［2010］15號），南通市通州食品藥品監督管理局由省以下垂直管理改為區政府工作部門，并更名為南通市通州區食品藥品監督管理局。按照區政府印發的《關于南通市通州區食品藥品監督管理局主要職責內設機構和人員編制規定的通知》（通政辦發［2010］154號），區衛生局保健食品、化妝品衛生監督管理的職責劃入區食品藥品監督管理局，區食品藥品監督管理局綜合監督、組織協調食品安全，依法組織查處食品安全重大事故的職責劃給區衛生局。
根據上述職責，內設辦公室、政策法規科、藥品醫療器械監管科、稽查科、保健食品化妝品監管科。
現在編人員31人（機關24人，事業7人），醫藥食品專業人員26名，占83．9％；本科以上學歷人員27人。建局十余年來，通州區食品藥品監督管理局圍繞服務通州經濟建設和社會發展大局，認真履行法定職能，強化自身建設，為保障人民群眾用藥安全發揮了積極作用：連續四輪建成江蘇省和南通市文明行業；先后榮獲全省食品藥品監督管理系統“團結、開拓、廉潔、高效”好班子、全省食品安全“三網”建設先進單位；南通市第三批創建文明行業示范點；南通市首批廉政文化示范點；南通食品藥品監督管理系統食品藥品監督管理先進集體、創建文明行業先進單位；通州市文明單位，紀檢監察工作、食品藥品安全、藥品打假工作先進集體，和諧法治創建工作示范單位、依法行政先進單位等。