區市場監督管理局設1個直屬行政機構和14個派出機構。
（一）直屬行政機構
設立區市場監督管理指揮中心，為副科級。
擬訂并組織實施全系統市場監管綜合執法及稽查辦案的制度措施；組織、指導查處除反壟斷案件之外的市場主體準入、生產、經營、交易中的違法行為；組織查處和督辦大案要案，協調跨區域案件查處工作；負責全系統市場監管綜合執法工作的業務指導；組織、指導和監督消費維權、質量監督、食品藥品、知識產權、價格投訴舉報及咨詢的受理、轉辦、處理和來訪接待等工作；組織協調市場監督管理方面事故的應急處置和調查處理工作；組織市場監督管理輿情監測、分析和協調處置工作；負責市場監督管理系統網絡安全、數據應用及信息化建設工作；負責遠程視頻平臺監控，運用智能化、信息化手段及時發現異常情況和違法行為，并按規定程序處理和督查；負責惠民信息發布，及時將檢驗檢測信息、質量公告、社會熱點、輿情民意、消費預警等，通過多媒體可視終端進行推送；組織協調與公安、城管、農業農村、衛生健康等多部門聯合專項整治工作。設綜合科、投訴舉報管理科、信息協調科、稽查科4個內設機構，均為正股級。
辦公地址：南通市通州區新金西路80號
辦公時間：9:00——12:00,13:30——17:30
聯系方式：0513-86518798
負責人：施羽佳
（二）派出機構
設南通高新區、金沙、二甲、十總、石港、劉橋、平潮、興仁、川姜、東社、西亭、五接、先鋒、興東14個分局，其中高新區分局為正科級，其余均為副科級。
負責宣傳貫徹國家和省、市、區市場監管工作法律法規；承擔轄區內食品生產、加工、流通及餐飲服務、藥品、醫療器械、化妝品的監督管理和特種設備安全監察工作；承擔轄區內網絡商品交易及有關服務行為的監督管理工作；承擔轄區內價格監督檢查工作；承擔轄區內打擊侵犯知識產權和假冒偽劣商品等工作；開展網絡監管企業信用建設，建立重點企業質量安全信息檔案，做好各類市場主體信息公示工作；依法依規開展市場監管執法稽查，查處市場主體準入、生產、經營、交易、使用等環節有關違法行為；負責投訴舉報的核查處置及消費者權益保護工作，承擔案件查辦工作；協助局有關科室、檢驗機構做好產品質量監督抽查、計量器具檢定及后續處理工作；管理轄區內的商品交易市場，規范市場計量行為，查處市場內違法經營行為；對轄區內廣告活動進行監督，實施合同行政監督管理，對經紀人活動進行監管，查處合同違法行為；承辦區局交辦的其他工作，配合所在鎮（區、園、街道）做好相關的其他工作。
市場監督管理局各分局均設綜合股、監管股、行政服務股、稽查股4個內設機構，均為正股級。
南通高新區分局：
辦公地址：南通市通州區創業大廈6層
辦公時間：9:00——12:00,13:30——17:30
聯系方式：0513-86100186
負責人：邱一真
金沙分局：
辦公地址：南通市通州區通掘路
辦公時間：9:00——12:00,13:30——17:30
聯系方式：0513-80238207
負責人：邱毅
二甲分局：
辦公地址：南通市通州區二甲鎮府東路1號
辦公時間：9:00——12:00,13:30——17:30
聯系方式：0513-82541347
負責人：任小平
十總分局：
辦公地址：南通市通州區原騎岸人民政府斜對面
辦公時間：9:00——12:00,13:30——17:30
聯系方式：0513-82566006
負責人：陳衛明
石港分局：
辦公地址：南通市通州區米市橋南路與鹽倉路交叉口東南40米
辦公時間：9:00——12:00,13:30——17:30
聯系方式：0513-82591156
負責人：蔡忠華
劉橋分局：
辦公地址：南通市通州區富民路與鳳仙路交叉口西南100米
辦公時間：9:00——12:00,13:30——17:30
聯系方式：0513-86581660
負責人：范謙
平潮分局：
辦公地址：南通市通州區平潮鎮棲楓西路15號
辦公時間：9:00——12:00,13:30——17:30
聯系方式：0513-86721315
負責人：趙小兵
興仁分局：
辦公地址：南通市通州區新地東路與新地北路交叉口100米
辦公時間：9:00——12:00,13:30——17:30
聯系方式：0513-86561549
負責人：陸瑩
川姜分局：
辦公地址：南通市通州區鎮中路與蘇通公路交叉口動180米
辦公時間：9:00——12:00,13:30——17:30
聯系方式：0513-86340611
負責人：仇鳴華
東社分局：
辦公地址：南通市通州區小康路與金三線交叉口東北40米
辦公時間：9:00——12:00,13:30——17:30
聯系方式：0513-82547800
負責人：姜旋
西亭分局：
辦公地址：南通市通州區盛庭花苑南門東50米
辦公時間：9:00——12:00,13:30——17:30
聯系方式：0513-86539086
負責人：陳偉
五接分局：
辦公地址：南通市通州區五接鎮瑞誠路10號
辦公時間：9:00——12:00,13:30——17:30
聯系方式：0513-86100060
負責人：邱衛國
先鋒分局：
辦公地址：南通市通州區先鋒鎮潤鋒花苑27幢東頭
辦公時間：9:00——12:00,13:30——17:30
聯系方式：0513-86675556
負責人：成輝
興東分局：
辦公地址：南通市通州區興富路與興亭路交叉口西60米
辦公時間：9:00——12:00,13:30——17:30
聯系方式：0513-86221019
負責人：顧春龍