（一）區委審計委員會辦公室秘書科
承擔區委審計委員會辦公室的日常工作。
（二）辦公室
負責機關日常運轉，承擔信息、安全、保密、信訪、政務公開、新聞宣傳、財務管理等工作；負責機關的干部人事、機構編制、勞動工資、教育培訓等工作；指導審計人才隊伍建設；負責機關離退休干部工作。
（三）法規與審理科
承擔機關有關規范性文件的合法性審查；審理有關審計業務事項，監督檢查審計業務質量，糾正或責成糾正違反國家規定作出的審計決定；承擔機關行政復議、行政應訴等工作；負責對重大違法違紀問題線索的移送協調；擬訂審計工作的政策、規劃和計劃；對審計工作相關重要問題進行研究，對審計成果進行整改研究和綜合利用。
（四）內部審計指導監督科
推動建立健全內部審計制度，對內部審計工作進行業務指導，監督內部審計職責履行情況，檢查內部審計業務質量；組織協調對社會審計機構出具的相關審計報告的核查。
（五）電子數據審計科
負責“金審工程”的規劃、建設和管理；組織開展審計業務電子數據的采集、驗收、整合和綜合分析利用；組織對區級有關部門和國有企事業單位網絡安全、電子政務工程和信息化項目以及信息系統審計；承擔機關信息系統管理工作。
（六）財政金融審計科
組織審計區本級預算執行情況、決算草案和其它財政收支，下級政府預算執行情況、決算草案和其他財政收支，區級財政轉移支付資金，各鎮（區、園、街道）黨政主要負責人經濟責任履行情況；牽頭起草審計結果報告、審計工作報告及審計整改工作報告、審計整改結果公告；組織審計區屬國有金融機構和區政府規定的區級國有資本占控股或主導地位的金融機構的資產、負債和損益；組織審計區級金融管理部門預算執行情況、決算草案和其他財政財務收支及其主要負責人的經濟責任履行情況。
（七）績效督查科
負責全區政策跟蹤審計項目計劃的制定；組織審計國家、省、市和區有關重大政策措施貫徹落實情況；參與國家、省、市和區開展的大督查和專項督查；依法組織檢查審計決定執行情況，督促整改審計查出的問題。
（八）行政企事業審計科
組織審計區級各部門、事業單位、人民團體的財政財務收支及其主要負責人的經濟責任履行情況；組織審計區政府相關部門、區級政府管理和其他單位受區政府及其部門委托管理的社會保障基金、社會捐贈資金以及其他有關基金、資金的財務收支；組織審計區屬國有企業和區政府規定的區級國有資本占控股或主導地位企業的資產、負債和損益以及財務收支，及其主要負責人的經濟責任履行情況；組織審計區屬有關企業的資產、負債、損益及區駐外非經營性機構的財務收支；根據上級審計機關授權，組織審計國家組織和外國政府援助、貸款項目。
（九）農業與資源環保審計科
組織審計農業農村、扶貧開發以及其他相關公共資金和項目建設；組織開展領導干部自然資源資產離任審計以及自然資源管理、污染防治和生態環保與修復情況審計。
（十）固定資產投資審計科
組織審計區級投資和以區級投資為主的建設項目以及其他關系到國家利益和公共利益的重大公共工程項目。
（十一）經濟責任審計科
承擔全區經濟責任審計的有關規定、辦法、指南的起草工作；負責全區經濟責任審計工作的組織協調和指導檢查；承擔區經濟責任審計聯席會議辦公室的日常工作。
機關黨總支
負責機關的黨群工作。