一、辦公室(人事科)。負責機關日常運轉，承擔信息、宣傳、安全、保密、信訪、政務公開等工作；負責機關及所屬事業單位的干部人事、機構編制、勞動工資、教育培訓、機關績效管理等工作。負責全區水利系統人才工作和職工隊伍建設；負責機關及所屬事業單位離退休干部工作。
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二、規劃建設科（工程管理科、質量安全監督科）。擬訂全區水利發展規劃，組織編制區域水利綜合規劃、專業規劃及年度水利計劃規劃并監督實施，擬訂區級水利投資計劃；組織指導有關防洪影響論證工作；按規定編制、審查大中型水利建設項目建議書、可行性研究報告；組織實施省下達的水利基本建設項目投資計劃，承擔水利統計工作；指導全區水利基本建設管理工作，負責區重點水利工程建設項目法人及招投標活動的監督管理；負責區重點水利工程建設的驗收；指導水利建設市場的監督管理和水利建設市場信用體系建設；督促檢查水利重大政策、決策部署和重要工作的貫徹落實情況；承擔防御洪水應急搶險的技術支撐工作；承擔防汛防臺期間水利工程調度工作；組織指導全區水利設施的管理、保護和綜合利用；組織編制水利工程運行調度規程，負責泵站、堤防、水閘等區屬水利工程的運行管理與確權劃界；組織實施引江調水工作；負責全區水域及其岸線的管理和保護，負責區域主要河道的開發、治理和保護；組織實施河道水生態保護與修復以及河道水系連通工作；會同相關部門指導全區河道保護規劃編制工作；負責河道采砂規劃和計劃的編制并監督實施；承擔區河長制工作領導小組辦公室的日常工作；組織擬訂推行河長制工作制度，編制工作計劃和考核目標；向區級河長提出工作建議，落實區級河長確定的事項；對河長制工作落實情況進行檢查、督察、考核；協調河長制工作重點事項和問題。組織實施水利工程質量和安全監督；承擔水利行業安全生產監督管理工作；組織或參與制定水利行業安全管理規程規范；負責區屬水利工程管理單位、重點建設項目的安全監管；組織重大水利安全生產事故的調查處理。
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三、水政水資源科（行政服務科、三峽移民科）。按規定負責規范性文件的合法性審查、備案并監督實施；組織開展有關水利改革與發展的研究；指導法治水利建設和依法行政工作；指導行政執法工作；承辦局行政復議、行政訴訟和行政賠償工作；負責水利系統法治宣傳教育和普法宣傳工作；負責洪水影響評價類、取水許可及生產建設項目水土保持方案、河道采砂及管理范圍內從事有關活動、水利項目設計文件審查等行政審批工作，并限時辦結；指導三峽移民管理工作；貫徹落實三峽移民管理有關政策實施，指導監督三峽移民后期扶持政策實施；承擔實施最嚴格水資源管理制度相關工作，負責開展水資源有償使用工作；負責水量分配工作并監督實施，組織指導河道生態流量水量管理；組織編制水資源保護規劃，指導飲用水水源保護有關工作，按規定組織飲用水源地設置論證工作；負責地下水開發利用和地下水資源管理和保護，組織指導地下水超采區綜合治理；指導雨洪資源利用的工程建設與管理；擬訂節約用水政策，組織編制并協調實施節約用水規劃，擬訂行業用水標準并監督實施；組織指導計劃用水、節約用水工作；組織實施用水總量、用水效率控制和定額管理制度；指導全區節水型社會建設工作；會同相關部門指導農業節水工作；指導城市污水處理回用等非常規水源開發利用工作。
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四、財務審計科。負責水利系統財務會計和內部審計工作；負責編制區級水利部門預算并監督執行；負責區級水利資金的使用及監督管理；指導區級水利國有資產的監督管理工作；提出有關水利價格、收費、信貸的建議；負責所屬單位財務管理、內部審計工作，協助做好領導干部的任期經濟責任審計工作。
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五、農村水利與水土保持科（水利科技科）。指導灌排工程建設與改造；指導農村飲水安全、鎮（區、園、街道） 供排水等工程建設管理工作，指導節水灌溉有關工作；指導農村水利社會化服務體系建設，組織開展農村河道疏浚整治工作；負責基層水利服務體系建設；負責全區水土流失綜合防治工作；組織編制水土保持規劃并監督實施；負責農業水價綜合改革工作；負責水土流失監測、預報并定期公告；組織編制水利科技、水利信息化發展規劃；負責水利科技項目和科技成果管理工作，組織水利科學技術研究、技術引進和技術推廣；組織實施水利行業技術標準、規程規范；負責水利科技和水利信息化工作；負責水利行業對外技術合作與交流工作。
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機關黨總支。負責機關及所屬事業單位的黨建工作。
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