南通市通州區水利局是主管水行政工作的區政府工作部門。主要工作職責是：
一、貫徹執行黨和國家有關水利方面的方針政策、法律法規以及省市區決策部署并監督實施。擬訂全區水利政策措施并監督實施。
二、負責保障水資源的合理開發利用。組織編制全區區域水利綜合規劃和水資源規劃、防洪規劃、水土保持規劃等水利規劃。編制全區水域及其岸線利用、主要河道治理等專業（項）規劃。對有關國民經濟和社會發展規劃、城鄉總體規劃提出意見建議，按規定組織開展重大建設項目的水資源、防洪、水土保持論證評價工作。
三、負責生活、生產經營和生態環境用水的統籌和保障。組織實施最嚴格水資源管理制度，實施水資源的統一監督管理，擬訂全區水中長期供求規劃、水量分配方案并監督實施。負責重點水利工程的水資源調度。組織實施取水（含礦泉水、地熱水）許可、水資源論證制度，組織開展水資源有償使用工作。指導水利行業供水、排水和再生水利用工作。
四、負責水資源保護工作。組織編制并實施水資源保護規劃。指導飲用水水源保護有關工作，按規定組織飲用水源地設置論證工作。組織指導地下水開發利用和地下水資源管理保護。組織指導地下水超采區綜合治理。按規定組織開展水資源承載能力監測預警工作。
五、負責節約用水工作。擬訂節約用水政策，組織編制節約用水規劃、擬訂行業用水標準并監督實施。組織實施用水總量控制等管理制度，指導和推動全區節水型社會建設工作。
六、負責水利固定資產投資計劃和資金監督管理工作。負責區級水利建設資金的計劃、使用、管理及內部審計監督。研究提出有關水利的價格、收費、信貸、財務等方面的建議。
七、組織實施重點水利工程建設和質量與安全監督。組織指導水利基礎網絡建設，組織指導水利建設市場的監督管理。編制、審查水利基本建設項目建議書和可行性報告。負責全區水利工程建設質量與安全監督工作。依法負責水利行業安全生產工作。
八、組織指導河道水域及其岸線的管理、保護與綜合利用。組織指導等級骨干河道的治理、開發和保護，組織實施河道水生態保護與修復、河道生態流量水量管理以及河道水系連通工作。
九、組織指導水利設施的管理與保護。組織編制水利工程運行調度規程，負責泵站、堤防、水閘等區屬水利工程的運行管理與確權劃界。
十、指導農村水利工作。指導灌排工程建設與改造。指導農村飲水安全、鎮（區、園、街道）供排水等工程建設與管理工作，指導節水灌溉有關工作；指導農村水利社會化服務體系建設；組織開展農村河道疏浚整治工作；負責基層水利服務體系建設；負責全區水土流失綜合防治工作；指導農村水利改革創新。牽頭負責農村水環境治理工作。
十一、組織指導水土保持工作。組織編制水土保持規劃并監督實施，負責水土流失綜合防治、監測預報并定期公告。負責生產建設項目水土保持監督管理工作。負責區重點水土保持建設項目的實施。
十二、負責水旱災害防御及水量調度工作。組織編制洪澇干旱災害防治規劃和防護標準并指導實施。承擔水情旱情監測研判預警工作。組織編制主要河道和重要水工程的防御洪水抗御旱災調度及應急水量調度方案，按程序報批并組織實施。承擔防御洪水應急搶險的技術支撐工作。承擔臺風防御期間重要水工程調度工作。
十三、指導三峽移民管理工作。貫徹落實三峽移民有關政策，指導監督三峽移民后期扶持政策實施。
十四、組織水利科學技術研究和推廣。組織指導全區水利行業技術標準、規程規范的實施。組織指導水利信息化和水利行業對外技術合作與交流工作。
十五、負責涉水違法事件的查處，受區政府委托，協調部門之間和鎮（區、園、街道） 之間的水事糾紛。組織水利行政許可、水政監察、水行政執法和普法宣傳工作。負責全區河道采砂的統一管理和監督檢查。
十六、承擔區河長制工作領導小組辦公室的日常工作。
十七、完成區委、區政府交辦的其他任務。
十八、職能轉變。加強水資源的合理利用、優化配置和節約保護。堅持節水優先，從增加供給轉向更加重視需求管理，嚴格控制用水總量和提高用水效率。堅持統籌兼顧，保障合理用水需 求和水資源的可持續利用。加強水域和水利工程 的管理保護，加強長江通州段水域及其岸線管理與保護工作。