（一）辦公室（財務審計科、監管協調科）。負責機關日常運轉，承擔信息、宣傳、安全、保密、信訪、政務公開等工作；承擔機關電子政務及網站管理工作。擬訂商務發展規劃及年度工作計劃；牽頭起草重要文件和綜合性文稿；承擔機關有關規范性文件的合法性審查工作；承辦相關行政復議和行政應訴工作；承擔商務系統法制宣傳教育的指導協調工作；研究提出與商務工作相關的財稅、金融等政策建議；會同有關部門管理商務專項資金；負責機關財務、資產管理、內部審計、政府采購等工作；指導所屬事業單位財務、資產管理工作；負責與區行政審批局的工作銜接；負責事中事后監管事項的牽頭、匯總和評價工作。
（二）市場體系建設和流通業發展科。擬訂全區內貿流通發展規劃；落實引導各種資金投向商品市場體系建設的政策；指導城鄉商業網點、商品交易市場（現貨交易類）規劃工作，促進社區商業和鎮（區、園、街道）商貿中心發展，推進農村市場和農產品流通體系建設；推動汽車流通行業健康發展，按有關規定對新車銷售、二手車流通、報廢汽車回收拆解企業進行監督管理；承擔區“菜籃子”工程協調領導小組辦公室的日常工作；提出優化流通產業結構、深化流通體制改革和促進商貿中小企業發展的政策建議，推動連鎖經營、商業特許經營、商貿物流配送等現代流通方式的發展；按有關規定對藥品流通等特殊流通行業進行監督管理；支持中華老字號傳承保護與創新發展，推動地方老字號建設；促進綠色流通發展，指導流通領域節能降耗工作；指導流通企業改革；推進流通標準化建設；指導再生資源回收管理工作；按有關規定對拍賣、租賃（除融資租賃）、舊貨流通行業等進行監督管理；牽頭承擔商貿流通行業有關綜合性工作；推動商務領域信用建設，指導商業信用銷售，建立市場誠信公共服務平臺；牽頭組織規范零售企業促銷行為；牽頭推進重要產品追溯體系建設；負責內資直銷管理相關工作；按規定負責單用途商業預付卡監督管理工作。
（三）市場運行和消費促進科。監測、分析市場運行和商品供求狀況，進行市場預測、預警和信息發布，并提出相應的調控建議；承擔建立健全生活必需品市場供應應急管理機制相關工作；按分工承擔相關重要消費品儲備管理和市場調控的有關工作；承擔繭絲綢協調工作；按有關規定對成品油流通進行監督管理；承擔商務領域消費促進工作，提出商務領域促進消費的工作措施和政策建議；承擔商貿服務業（含餐飲業、住宿業）的行業管理工作。
（四）對外貿易管理科。擬訂全區貨物進出口發展規劃和政策措施，推進以質取勝戰略、市場多元化戰略、科技興貿戰略；擬訂外貿促進計劃，組織、指導、協調外貿促進活動，推進外貿促進體系建設；指導、推進出口基地、出口品牌和國際營銷網絡建設；指導、推進跨境電子商務等外貿新業態新模式發展；負責貨物進出口統計和運行分析；執行國家成套設備進出口政策；協調規范外貿經營秩序，推進進出口貿易標準化、便利化和外貿信用體系建設；承擔進出口公平貿易相關工作，建立進出口公平貿易預警機制；組織協調我區企業應對貿易摩擦，配合做好應對反傾銷、反補貼和保障措施調查應訴及其他與進出口公平貿易相關工作；指導貿易爭端的訴訟工作；指導協調產業安全應對工作；執行國家進出口管制政策；協調我區在世界貿易組織框架下的應對工作；負責全區貿易政策合規工作；配合做好公平競爭審查工作；負責展會規劃、促進與管理；推進商務金融合作機制建設，協調銀行、外匯、出口信用保險等部門與商務工作有關的事項；配合做好口岸管理服務工作。
（五）服務貿易科（服務外包和電子商務科）。擬訂全區服務貿易發展規劃、政策措施并組織實施；承擔服務貿易促進和服務貿易統計工作；承擔服務外包統計和服務外包平臺建設工作；負責展會規劃、促進與管理；牽頭服務貿易、服務外包境內外招商促進活動的組織工作；指導服務外包示范園區建設；承擔技術進出口管理工作；研究提出推進全區電子商務發展的政策意見，會同有關部門擬訂全區電子商務發展規劃。
（六）外國投資管理科。指導協調和管理全區外商投資工作；落實外商投資政策，擬訂改善外商投資環境、促進外商投資便利化的措施并組織實施；會同有關部門貫徹落實跨國公司總部和功能性機構鼓勵政策；負責全區外商投資統計工作；牽頭開展外商投資重大項目和重點企業跟蹤服務，協調解決外商投資企業生產運行中的有關問題；開展全區外商投資糾紛投訴辦理和調解工作；組織并實施對外商投資企業設立及變更備案的監督檢查；牽頭組織全區外商投資企業年度投資經營信息聯合報告工作；承擔區利用外資聯席會議辦公室的日常工作；按規定承擔協調、指導、服務全區國家級、省級開發區工作，牽頭擬訂開發區建設、發展、改革的政策措施；承擔全區開發區發展規劃草案編制有關工作，指導全區開發區建設發展；研究開發區建設的重大問題，提出處理意見；承擔與其他國家（地區）政府經濟部門、各類投資促進機構的聯系工作；承擔全區海外經貿網絡的建設與管理；負責與國內外知名企業建立溝通和聯系。
（七）對外投資和經濟合作科。負責貫徹執行國家、省、市有關對外投資和經濟合作政策，擬訂我區對外投資合作政策措施并組織實施；依法管理和監督對外投資（非金融類，含在港澳臺地區投資）、對外承包工程、對外勞務合作、對外經濟援助、接受國際援助等工作；負責對外承包工程、對外勞務合作項目審查和外派勞務人員招收備案初審工作；組織協調境外勞務糾紛和突發事件應急處置；負責推進對外投資和經濟合作促進和服務保障體系建設；承擔區對外勞務合作領導小組辦公室的日常工作；執行國家對香港、澳門特別行政區和臺灣地區的經貿規劃、政策；承擔通州與相關國家和地區合作機制的牽頭和協調工作。
機關黨委（人事科）。負責機關及所屬事業單位的黨群工作；承擔機關及所屬事業單位的干部人事、機構編制、勞動工資和教育培訓等工作；指導商務系統人才隊伍建設；負責離退休干部工作；按上級有關規定承擔相應紀檢（監察）工作。