區信訪局設下列內設機構：
（一）辦公室。負責機關日常運轉工作。承擔調研、信息、文秘、人事、檔案、安全、機要、保密、政務公開、財務管理、車輛管理、應急管理等工作。負責全區信訪工作的綜合協調指導；總結推廣信訪工作的經驗，提出改進和加強信訪工作的意見和建議；綜合分析研判信訪形勢，提出指導意見；負責本機關信息化建設，指導全區信訪信息化建設，指導全區信訪系統干部隊伍建設。
（二）來訪接待科。負責接待區內外群眾來訪。負責區人民來訪接待中心日常工作。協調處理群眾來區集體上訪和重大、異常來訪突發事件；及時反映群眾來訪中的重要情況，匯總上報各地上訪的動態。負責群眾上訪信息的匯總、分析和情況通報；轉送、交辦、督辦重要來訪事項；區領導接待群眾工作的組織協調。指導檢查全區群眾來訪接待工作。協助信訪事項復查申請的受理。
（三）辦信辦電科（人民建議征集辦公室）。負責受理辦理信訪人給區委、區政府，區委、區政府領導，區信訪局及其負責人的來信、來電、網上信訪；受理辦理南通市市長信箱轉送的信訪事項；受理辦理上級機關轉送、交辦、督辦和區委、區政府領導同志批辦的群眾來信事項；及時篩選重要來信、網上信訪信息報送領導閱示。負責重要來信、網上信訪信息的匯總、分析、反映和情況通報；轉送、交辦、督辦重要來信、網上信訪事項。負責來信、來電、網上信訪等的情況分析及趨勢預測；收集、篩選、整理人民群眾給區委、區政府的建議，匯總分析群眾通過信訪渠道反映的重要建議，跟蹤落實領導批示和交辦建議事項辦理情況。牽頭負責陽光信訪信息系統的管理維護、“四率”分析統計等工作。指導檢查全區群眾來信、網上信訪辦理和人民建議征集工作。
（四）督查指導科。負責督查上級機關關于信訪工作決策部署的貫徹落實；督查上級領導對信訪工作重要指示精神的貫徹落實；督查督辦上級機關交辦和區領導批辦的重要信訪事項；在督查督辦信訪案件中負責組織協調、聯絡工作，統籌指導信訪督查工作；指導全區信訪矛盾化解工作，指導檢查全區信訪事項督查督辦工作；按照國務院《信訪條例》和《江蘇省信訪條例》規定，對有關單位及信訪干部、信訪群眾提出獎勵或處罰的建議；組織開展業務培訓；負責年度信訪工作考核工作。
（五）法制綜合科（聯席辦綜合科）。負責辦理申請復查復核的信訪事項；起草、修改本區有關信訪工作的政策制度和地方性法規、規章草案；指導檢查全區信訪事項復查復核工作；負責信訪法治化建設相關工作；承辦相關行政復議、行政應訴及接受信訪政策法規咨詢、答復等工作。負責區信訪聯席辦日常工作，承辦上級信訪聯席辦交辦的工作；負責擬訂信訪問題排查化解制度并組織實施；提出對鎮（區、園、街道）和部門改進工作、完善政策、給予處分和違反信訪工作紀律實施責任追究的建議；組織跨地區、跨部門、跨行業重大、疑難信訪案件的協調辦理工作；負責駐京、駐寧日常信訪保障相關工作；協調處置全區群體性矛盾、群眾越級上訪和到非接待場所上訪，配合處理在京信訪異常、突發事件，維護我區群眾越級上訪秩序；及時報告群眾越級上訪的重要情況；及時搜集、匯總、通報各鎮（區、園、街道）、部門越級訪活動情況。