區行政審批局設12個內設機構：
（一）辦公室。負責機關日常運轉，承擔文電、信息、宣傳、安全、機要、檔案、信訪、政務公開、行政后勤等工作；負責重要會議和活動的組織安排并督辦落實；負責重要文件、綜合性文稿起草和重大課題綜合調研工作；負責機關財務管理、資產管理和內部審計工作。
（二）人事科。負責機關及所屬事業單位的干部人事、機構編制、勞動工資、教育培訓等工作；負責機關及所屬事業單位人才隊伍建設，指導所屬事業單位的專業技術職務評聘工作；負責干部檔案管理工作；負責機關及所屬事業單位出國（境）人員審核報批工作；負責離退休干部工作；負責對進駐大廳人員進行綜合績效考核管理。
（三）政策法規科。起草政務服務管理有關政策措施；牽頭負責規范性文件的制定并對實施情況進行監督檢查；負責依法行政和法治建設工作；組織開展行政審批、公共資源交易執法檢查，負責有關行政許可決定的審核，牽頭組織行政許可決定撤銷工作；承擔聽證、行政復議、行政應訴等工作；負責行政審批、公共資源交易管理法律法規的宣傳、執法人員培訓和管理工作；承擔行政權力清單的編制和調整工作。
（四）行政審批制度改革科。負責研究提出全區“放管服”改革工作的政策措施，提出取消下放行政許可事項的意見；承擔行政審批制度改革的組織協調工作，研究提出深化行政審批制度改革的措施及建議，對工作績效進行檢查評估；負責清理規范涉審中介服務、優化行政審批流程、推進“不見面審批（服務）”改革和“3550”改革工作，參與“證照分離”改革；承擔區政府推進職能轉變和“放管服”改革協調小組辦公室、區行政審批制度改革工作領導小組辦公室的日常工作。
（五）政務服務管理科。負責政務服務的綜合協調、日常運行管理規范制定及業務指導工作，協助推進相關改革工作；負責政務服務體系建設，協調指導鎮（區、園、街道）、村、社區政務服務工作；負責行政審批“三集中、三到位”工作的推進；對政務服務事項線上、線下運行進行指導、協調、監督、管理；指導協調審批業務的流程再造、聯合辦理、跟蹤服務；參與對實施行政審批涉及的中介服務行為進行監督；負責政務服務業務數據統計分析工作；指導、協調全區政務服務代辦幫辦工作。
（六）市場準入科。負責全區各類市場主體登記注冊工作；受委托辦理藥品經營許可，醫療器械經營許可、備案，從事包裝裝潢印刷品和其他印刷品經營許可（變更）審批；承擔食品、特種設備、危險化學品、煙花爆竹、文化、旅游、糧食、醫療、衛生經營許可和限額以下外商投資企業審批等行政審批事項，并限時辦結；負責與業務關聯部門的銜接、溝通、協調等工作。
（七）投資管理科。負責權限內的政府投資項目審批與企業投資項目核準、備案；負責權限內建設項目環境影響評價文件審批、固定資產投資項目節能評估和審查；做好綜合咨詢和預審服務推進工作；協同做好業務相關審批平臺應用推進工作；負責對業務相關中介服務機構的管理考核；負責危險化學品生產經營單位安全生產經營事故應急救援預案的備案；負責與業務關聯部門的銜接、溝通、協調等工作。
（八）工程許可科。負責建筑工程施工許可、竣工驗收備案；負責抗震設計文件審查、燃氣工程初步設計文件審批；參與施工圖聯合審查的業務指導和工作考核；負責權限內防空地下室建設、地下空間開發利用兼顧人民防空要求以及人防工程平時使用、拆除報廢改造等相關審批；受委托負責商品房預售許可工作。
（九）規劃許可科。受委托負責建設項目選址意見書、建設用地規劃許可證、建設工程類規劃許可證的核發和建設工程驗線、用地地塊規劃條件和規劃許可內容的核實等規劃業務事項的溝通、協調及審批管理工作。
（十）公共資源交易監管科。負責擬訂全區公共資源交易管理制度及相關交易活動規則；負責監督區級機關各部門、鎮（區、園、街道）貫徹執行公共資源交易相關法律、法規、政策情況；負責全區工程建設交易活動的監督管理；負責處理工程建設交易中的投訴事宜，查處違法、違規問題；負責建立并管理公共資源交易綜合評審專家庫；負責對招標代理的日常管理考核；負責區級公共資源交易活動的統籌、協調工作以及與業務關聯部門的銜接、溝通等工作；指導鎮級公共資源交易工作。
（十一）信息科。負責全區一體化在線政務服務平臺、“互聯網+監管”平臺的建設管理；負責擬訂全區政務服務信息化建設發展規劃、年度工作計劃及實施方案；開展全區政務服務“一張網”建設工作技術指導、業務培訓等工作；組織信息化項目的實施；協調區級相關部門對接政務服務信息化系統；指導各鎮（區、園、街道）政務服務信息化工作。
（十二）督查科。負責區政務服務大廳日常運行秩序的監督管理；承擔政務服務大廳服務投訴受理、調查和處置工作；承擔審批服務群眾滿意度測評、群眾意見建議反饋和測評結果運用工作；負責政務服務綜合標準化建設工作的組織實施；負責編制、實施政務服務綜合標準化建設工作的總體目標和計劃；負責編制和完善政務服務綜合標準體系，并對運行情況進行督查考核；負責開展相關標準的基礎性研究和宣傳推廣工作。
機關黨委。負責機關及所屬事業單位的黨群工作。