區數據局設十五個內設機構：
（一）辦公室。負責機關日常運轉，承擔文電、信息、宣傳、安全、機要、檔案、信訪、政務公開、行政后勤等工作；負責重要會議和活動的組織安排并督辦落實；負責重要文件、綜合性文稿起草和重大課題綜合調研工作；負責機關財務管理、資產管理和內部審計工作。
（二）人事科。負責機關及所屬事業單位的干部人事、機構編制、勞動工資、教育培訓等工作；負責機關及所屬事業單位人才隊伍建設，指導所屬事業單位的專業技術職務評聘工作；負責干部檔案管理工作；負責機關及所屬事業單位出國（境）人員審核報批工作；負責離退休干部工作。
（三）政策法規科。承擔有關規范性文件的起草制定、合法性審查以及依法行政工作；組織開展行政審批執法監督工作，負責有關行政許可決定的審核，牽頭組織行政許可決定撤銷工作；承擔聽證、行政應訴等工作；承擔行政權力清單的編制和調整工作。
（四）數字規劃協調科（數據資源科）。組織擬訂數字通州、數字經濟、數字社會、數字政府規劃；研究數據領域重大趨勢和重大問題；負責數字相關戰略規劃、重大政策、重大項目等的評估督導。
承擔推動數據資源整合共享和開發利用工作；承擔落實國家大數據戰略有關工作；擬訂數據資源分類分級管理制度，負責公共數據歸集，協調推進公共數據確權授權，推動信息資源跨行業跨部門互聯互通；引導數據交易場所建設發展。
（五）數字經濟科（數字社會科）。承擔數字經濟發展規劃組織實施工作；承擔統籌推進數字經濟發展相關工作；研究擬訂促進數字產業化和產業數字化、推動跨領域跨行業數字化轉型的政策措施；促進數字技術和實體經濟深度融合。
承擔數字社會發展規劃組織實施工作；協調推動公共服務和社會治理信息化，協調推進智慧城市建設；協同推進數字公共服務普惠化、數字社會治理精準化、數字生活智能化。
（六）數字政府科。承擔數字政府發展規劃組織實施工作；統一建設和管理區電子政務云平臺、電子政務外網等基礎設施；建設一體化協同辦公體系，推動機關內部事務線上集成化辦理；推動部門信息系統整合，負責“一件事一次辦”、政務服務“一網通辦”等應用支撐體系的建設。承擔區級政務信息化項目及運維經費的相關審核工作。
（七）數字科技和基礎設施建設科（數據安全管理科）。牽頭推進數字基礎設施布局建設工作，擬訂有關數字基礎設施布局規劃并推動實施；配合推進數據領域核心技術、關鍵設備等重大科技攻關，協同推動數據要素相關人才隊伍建設；擬訂相關數據安全政策并組織實施；協同開展網絡數據跨境流動安全評估和監管工作。
（八）審批制度改革科。負責研究提出全區簡政放權、放管結合、優化服務工作的政策措施，提出取消下放行政許可事項的建議；推進行政審批規范化，負責行政許可等依申請辦理政務服務事項目錄動態管理；負責清理規范涉審中介服務、優化行政審批流程，參與“證照分離”改革。
（九）政務服務科（標準化建設管理科、代辦服務管理科）。承擔全區政務服務體系建設相關工作，協調指導鎮（街道）、村（社區）政務服務工作；統籌負責政務服務事項實施清單和辦事指南標準化；組織協調南通市縣一體化政務服務管理平臺的推廣應用，推進“不見面審批（服務）”改革、“一件事一次辦”和政務服務“一網通辦”；組織區級政務服務事項集中受理辦理；負責政務服務事項辦理運行的指導、協調、監督，對政務服務業務數據進行統計分析；負責政務服務綜合標準化建設工作。
負責對全區政務服務代辦幫辦工作的指導、管理和協調；負責推進全區三級政務服務代辦幫辦體系建設和整體聯動；負責牽頭制定政務服務代辦管理制度，牽頭梳理、公布政務服務代辦事項目錄；負責對全區政務服務代辦工作進行考核評價。
（十）市場準入科。負責業務權限范圍內市場主體登記注冊工作；負責與業務關聯部門的銜接、溝通、協調等工作。
（十一）綜合審查科（安全生產監管科）。負責辦理?；方洜I許可及?；方洜I單位應急預案備案、煙花爆竹零售經營許可、醫療衛生類、文化旅游類、食品藥品類等行政審批事項，并限時辦結；負責組織業務相關的聯合踏勘、聯合竣工驗收等工作；負責與業務關聯部門的銜接、溝通、協調等工作；協助業務相關中介服務機構的管理工作；負責部門和單位安全生產監管職責。
（十二）投資管理科。負責權限內的政府投資項目審批與企業投資項目核準、備案；負責權限內建設項目環境影響評價文件審批、固定資產投資項目節能審查等。牽頭通州區項目建設“拿地即開工”審批服務工作，做好綜合咨詢和預審服務推進工作；協同業務相關審批平臺應用推進工作；負責與業務關聯部門的銜接、溝通、協調等工作；協助業務相關中介服務機構的管理工作。
（十三）工程許可科（規劃許可科）。負責建筑工程施工許可、竣工驗收備案；負責抗震設計文件審查、燃氣工程初步設計文件審批；會同有關部門做好業務相關的聯合踏勘、聯合竣工驗收等工作；參與施工圖聯合審查的業務指導和工作考核；受委托負責商品房預售許可工作。
受委托負責建設項目用地預審與選址意見書和各類用地地塊規劃條件、建設用地規劃許可證、建設工程規劃許可證的核發；負責建設項目方案審查的組織實施；負責應建防空地下室的民用建筑項目報建、人防工程拆除、報廢、改造等相關審批；負責建設工程驗線、規劃竣工核實和人防工程竣工驗收備案、人防工程平時開發利用登記；負責與業務關聯部門的銜接、溝通、協調等工作；協助業務相關中介服務機構的管理工作。
（十四）公共資源交易管理科。負責擬訂全區公共資源交易管理制度及相關交易活動規則；負責監督區級機關各部門、鎮（街道）貫徹執行公共資源交易相關法律、法規、政策情況；負責全區工程建設交易活動的監督管理；負責處理工程建設交易中的投訴事宜，查處違法、違規問題；負責建立并管理公共資源交易綜合評審專家庫；負責對招標代理的日常管理考核；負責區級公共資源交易活動的統籌、協調工作以及與業務關聯部門的銜接、溝通等工作；指導鎮（街道）公共資源交易工作。
（十五）督查科（綜合績效考評辦公室）。負責綜合績效考核管理工作。負責政務服務相關的評估督導工作；負責區政務服務大廳日常管理工作，負責對各進駐部門、單位的政務服務行為進行監督檢查，對窗口工作人員進行日常管理、教育培訓和監督考核；承擔政務服務大廳服務投訴受理、調查和處置工作；承擔審批服務群眾滿意度測評、群眾意見建議反饋和測評結果運用工作；會同有關科室推進政務服務綜合標準化建設和宣貫工作。
總師室。負責數據、政務服務、行政審批的技術指導和管理工作。
機關黨委。負責機關和所屬事業單位的黨群工作。